古树名木是大自然及人类社会文明的见证，是大自然给予人类社会的宝贵财富，是活的文物。它既有较高的观赏价值，又有历史、生物、环保等各方面的科研价值。钟山风景名胜区是以南京的历史文化为基础、融山水城林于一体的风景名胜区。古往今来，岁月沧桑，历史留给景区大量珍贵的文化遗存和文化遗址；同时凭借优越的气候、水土条件，景区也孕育了大量的古树名木，这也是景区历史文化内涵不可缺少的组成部分。

钟山风景名胜区是南京市古树名木最为集中的区域，占据全市古树名木总数量的63.2%。2020年第六次古树名木普查结果显示：钟山风景名胜区古树名木列入《南京市古树名木名录》的总数量是1320株，共涵盖75个植物种，分属于31个科，54个属。其中不乏国家级保护植物及濒于灭绝的珍稀树种：

秤锤树（Sinojackia xylocarpa Hu）

安息香科秤锤树属，落叶灌木，春季观花，秋冬观果，是优良的园林观赏树种。因为秤锤树种子自然状态下繁殖极其困难，已被列为国家二级保护濒危物种。该物种分布区域狭窄，只在江苏南京幕府山、燕子矶、江浦县老山及句容县宝华山曾发现野生种群，一般生于海拔300--400米丘陵山地。目前，这些区域也因为自然环境恶化，旅游开发过度，难以找到野生种群。

秤锤树在钟山风景名胜区得到广泛栽培，明孝陵、梅花山周边、中山陵周边均有分布。其中，明孝陵金水桥内东侧一株，栽植于建国初期，树龄已达70年，冠幅达10米，高7米，有11分枝，最大干径20厘米，春季花白如雪，秋季果实累累，形似秤锤，宿存在树上，果序下垂，随风摆动，颇为独特，于1998年被列为南京市古树名木。

往年调查过程中曾发现，风景区成年秤锤树周边已经形成自然的更新群落，为恢复建立秤锤树人工生态群落创造了模式，也从一个侧面表明钟山名胜风景区良好的生态环境已经满足了该濒危物种自行繁衍生息所需求的条件。

千头赤松（Pinus densifira Sieb.etzucc.cv.Umbraeulifera）

为松科赤松的栽培变种，赤松原种产于我国东北及山东、江苏云台山，日本、朝鲜、俄罗斯多有分布，本栽培变种原产日本。

上个世纪六十年代，该变种在中山陵园苗圃开始育苗，1980年栽植到中山陵“天下为公”灵堂前平台，共计六株，长势较旺，姿态优美。

千头赤松是极为稀有、名贵的树种，在建设陵园之初就使用了此树种。在上个世纪七十年代松干蚧严重发生时，千头赤松也遭到侵害，逐渐衰败，于1980年替换新的苗木到原来位置。当时栽这六株千头赤松时，高度只有1.8米，蓬径约有3米，是从总理温室（现在的红楼花房）北边苗圃移植过去的。其实，当时繁殖的千头赤松远不止这六株，但是在松材线虫广泛危害时几乎全军覆没，所以越发显出天下为公前这六株千头赤松的名贵。1982年，南京市第一次进行古树名木普查时就进入古树名木的档案，40余年过去，它们已经成长为天下为公一道亮丽的风景线。